למרות שאנחנו יכולים להרכיב את כל המערכת שלנו לתוך מיכל אחד, בדרך כלל זה לא יהיה הרעיון הכי טוב. כשהמערכת כולה במיכל אחד קשה יותר להעביר סרביס מסוים למכונה אחרת - זה הכל או כלום. בעיה נוספת היא שדרוגים: כשכל הרכיבים של המערכת שמורים באותו מיכל ואתם צריכים לשדרג רק רכיב אחד, תהיו חייבים להוציא גירסא חדשה של המיכל כולו.

ההמלצה בקהילת הדוקריסטים היא לכן להפריד את המערכת שלכם למספר מיכלים, כאשר כל מיכל אחראי על חלק אחר במערכת ויכול תיאורטית לרוץ על מכונה נפרדת. כך בסיס הנתונים ישב במיכל משלו, כל Micro Service יקבל מיכל, רדיס במיכל משלו וגם Memcached במיכל נפרד.

אבל כשאנחנו מפרידים את המערכת שלנו למיכלים אנחנו מייצרים סיבוך אחר: הצורך לארגן את המיכלים יחד לריצה בצורה מתואמת, ולהתמודד עם אילוצים של חלקים שונים במערכת.

ב Docker מיכל שאמור לרוץ בסביבת ייצור כחלק ממערכת גדולה יותר נקרא Service. כמו שהקובץ Dockerfile הגדיר מה יש לנו בתוך מיכל, כך יש קובץ מקביל בשם docker-compose.yml שאחראי על הגדרת הסרביסים במערכת. לכל סרביס נרצה להגדיר על איזה מכונות מותר לו לרוץ, מהם מיפויי הפורטים שלו ואילוצים שונים של הסרביס (למשל שסרביס מסוים חייב לרוץ על מכונה מסוימת, או לא יכול לתפוס יותר מכמות מסוימת של זיכרון).